În Institutul Teologic Protestant școală doctorală a funcționat până în 2010. Datorită tranziției treptate către sistemul Bologna, școala doctorală este în curs de reorganizare. Recunoașterea diplomelor de doctorat a căzut în sarcina Secretariatului de Stat pentru Culte din 1990 până în 1998, a Ministerului Educației Naționale (CNATDCU) din 1998 până în 2001 și a Ministerului Educației și Cercetării (CNATDCU) din 2002 până în 2010.

În perioada 1990-2010, următoarele persoane au obținut titlul de doctor prin intermediul școlii doctorale din ITP: